Le choix du mode "text" pour l'envoi des mails de notification ou d'activation est volontaire. Ceci pour augmenter les chances que le mail arrive à destination et pas dans la boite a SPAM voir directement rejeté. Pour ma part je te le déconseille, même si cela paraît sympathique au premier abord.
Sinon pour modifier cela, il suffit de modifier le fichier gérant l'inscription pour l'activation '/modules/profile/register.php' la ligne suivante (si ma mémoire est bonne)
$xoopsMailer->setHTML(true);
A la ligne 248 et à la ligne 265.