Si cela peut servir à quelqu'un:
Bon j'avance, en fait j'ai remplacé la ligne demandant le script dans theme.html:
<{if isset($xoops_version) && ($xoops_version|lower|replace:" ":""|truncate:8:"" == "xoops2.4")}>
<script type="text/javascript" src="<{xoAppUrl }>browse.php?Frameworks/jquery/jquery.js"></script>
<{else }>
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js"></script>
<{/if}>
par
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js"></script>
Et ça marche mieux, mais j'avais toujours un petit sigle bizarre en haut à gauche de la page: 
Alors un petit coup de convertir en UTF8 sans Bom dans notepad sur le theme.html et zou, ça marche
Donc j'en viens à la conclusion que j'ai du mal faire mon upgrade en 2.4.4
Je vais essayer de la refaire...
Merci