En cherchant bien j'ai trouvé une solution au problème (il fallait déjà savoir d'où il venait). La cause étant les urls relatives dans les formulaires et l'url rewriting.
La solution, par exemple avec le module news :
ouvrir article.php et trouver à la fin
include XOOPS_ROOT_PATH.'/include/comment_view.php';
et ajouter après
// Problem with url_rewrite and posting comments :
$xoopsTpl->assign(array('editcomment_link' => XOOPS_URL.'/modules/'. $xoopsModule->dirname() .'/comment_edit.php?com_itemid='.$com_itemid.'&com_order='.$com_order.'&com_mode='.$com_mode.''.$link_extra, 'deletecomment_link' => XOOPS_URL.'/modules/'. $xoopsModule->dirname() .'/comment_delete.php?com_itemid='.$com_itemid.'&com_order='.$com_order.'&com_mode='.$com_mode.''.$link_extra, 'replycomment_link' => XOOPS_URL.'/modules/'. $xoopsModule->dirname() .'/comment_reply.php?com_itemid='.$com_itemid.'&com_order='.$com_order.'&com_mode='.$com_mode.''.$link_extra));
$xoopsTpl->_tpl_vars['commentsnav'] = str_replace("self.location.href='", "self.location.href='" . XOOPS_URL.'/modules/'. $xoopsModule->dirname() .'/', $xoopsTpl->_tpl_vars['commentsnav']);
C'est un code que j'ai trouvé sur le site de la smartfactory et adapté pour le passer dans tous les modules faisant usage des commentaires.
Testé sur myalbum, news, et wfdownloads