Si vous regardez bien dans phpmyadmin, on se rend compte que le message concernant l'erreur d'indexation est en fait qu'un simple warning...

"Plus d'un index de type INDEX existe pour la colonne"

Lors de la creation de la base, les clefs primaires, les index et les clefs etrangeres ont ete definis, mais le soucy est que celles ci sont redondantes pour MySql.
je m'explique, une clef primaire est deja declaree comme etant indexe dans mysql.
Idem pour une clef etrangere...donc en fait ce warning est du au fait que sous mysql ces informations ne sont que des redondances.
Cela ne posera aucun probleme a votre site dans tous les cas car ca reste un warning(dans phpmyadmin on doit trouver une icone warning attachee a ce message en general...)

Pour supprimer ce warning il faudrait supprimer tous les index simple qui sont attaches a une clef (etrangere ou primaire)

Pour le cas de free, en fait, cela est tout simplement du au fait que dans certaine conf le warning est active et dans d'autre pas du tout.
C'est un choix a faire tout simplement(comme en php, ou on peut coder en supprimant l'affichage des warning ce qui est pas bien, meme si tout fonctionne pareil apres...), l'ideal est de les laisser afin d'etre rigoureux dans le developpement de l'application

cordialement